傳道部
推動本港傳道事工、鼓勵及資助堂會植堂植群、推展門徒訓練，傳承使命、主辦大規模佈道培靈聚會、舉辦佈道訓練、裝備信徒領袖、聯絡組織分區祈禱會，讓堂會彼此交流分享事工異象、定期舉行教牧團契，支援堂會教牧同工，彼此堅固事奉生命。
差傳部
本部於1972年為關注海外傳道事工而設立，於1998年成立香港浸信會聯會差傳中心，並於2009年易名為香港浸信會差會。貫徹大使命、傳遞異象、聯合各教會差派宣教士，協助海外有需要教會及宣教團體，並定期舉辦訪宣體驗團、差傳教育講座及訓練、各工場差傳研討會等活動，以推動差傳事工。
神學部
本聯會於1951年創辦香港浸信會神學院，開設多種學士至博士學位課程，並有信徒普及神學、遙距課程，此部負責推動神學院各項工作。
培訓部
本部前期為主日學部及助道部，於2000年第61屆年會合併為培訓部，希望透過提供各類課程、講座，推展康體活動，幫助信徒得到全人關懷，建立福音預工平台，使教會能更全面地發展。本部設有家庭及真愛事工組、康體事工組與培訓及訓練課程組，共同推動本部事工。
聖樂部
負責聖樂訓練，聯合獻唱、促進聖樂事奉的功能及聯絡各地彼此交流推廣聖樂經驗與知識。
書報部
負責聯會文字事工，出版季刊《浸情》，以文字溝通及推廣聯會與各教會、機構、學校訊息及編印有關書刊。
福利部
目的為關顧退休傳道同工；為教會同工安排住院及門診醫療保險計劃及其他醫療優惠、鳳德自修室及退休同工宿舍及舉辦講座。
中小學及持續教育部
中等教育部為配合本港教育新政策，於2002年第63屆年會通過易名為中小學及持續教育部。負責管理浸聯會屬下各中學、小學（及附屬幼稚園）及持續教育事工。計有香港浸信會聯會專業書院（原稱「培正專業書院」，由2021年7月1日起易名「香港浸信會聯會專業書院」）、香港培正中學、香港培正小學暨幼稚園、澳門培正中學、香港培道中學、香港培道小學暨幼稚園、浸信會呂明才中學、浸信會呂明才小學、浸信會沙田圍呂明才小學、浸信會永隆中學、浸信會天虹小學及香港浸信會聯會小學。
幼兒教育部
初等教育部為配合本港教育新政策，於2002年第63屆年會通過易名為幼兒教育部。負責管理浸聯會屬下各幼稚園及幼兒園。計有香港浸信會聯會香港西北扶輪社幼稚園、香港浸信會聯會耀興幼稚園、香港浸信會聯會寶田幼稚園及香港浸信會聯會利安幼兒園(由2020年8月1日起)。
浸會園委員會
管理於1965年開設座落於粉嶺坪輋之香港浸會園，佔地五十多萬平方呎，花草茂盛，風景優雅，環境寧靜，為教會、學校及機構提供退修及福音營之理想場所。
醫務部
管理香港浸信會醫院。本聯會在五十年代設立醫療所，1963年香港浸信會醫院建成，開始全面醫療服務事工。另附設香港浸信會醫院區樹洪健康中心及全人健康中心，關顧社會不同人士的健康需要。
社會服務部
浸信會愛羣社會服務處轄下設有多個服務單位及項目，為香港市民提供多元化的社會服務，如青少年中心、老人中心、幼兒中心、復康服務及輔導服務等，並在這些中心內展開福音工作。此部負責管理浸信會愛羣社會服務處及推動社區工作。
