傳道部
推動本港傳道事工、鼓勵及資助堂會植堂植群、推展門徒訓練，傳承使命、主辦培靈聚會、舉辦佈道訓練、堂主任訓練、裝備信徒領袖、聯絡組織分區祈禱會，讓堂會彼此交流分享事工異象、定期舉行教牧團契，聯繫關心支援堂會教牧同工，彼此堅固事奉生命。
差傳部
本部於1972年為關注海外傳道事工而設立，於1998年成立香港浸信會聯會差傳中心，並於2009年易名為香港浸信會差會，後於2024年改名為「恩光滙」。貫徹大使命、傳遞異象、聯合各教會差派宣教士，協助海外有需要教會及宣教團體，並定期舉辦訪宣體驗團、差傳教育講座及訓練、各工場差傳研討會等活動，以推動差傳事工。
神學部
本聯會於1951年創辦香港浸信會神學院，開設廣泛的學位課程包括學士至博士程度，以及信徒普及神學、遙距課程。本部負責推動神學院各項工作。
培訓部
本部前期為主日學部及助道部，於2000年第61屆年會合併為培訓部，透過提供各類課程、講座、執事訓練，幫助信徒得到適切的訓練，使教會能更全面地發展。
聖樂部
本部負責聖樂及敬拜相關訓練，促進聖樂事奉的功能；藉著成立陽光詩班，參與聯合獻唱及聖樂佈道，聯絡各地彼此交流及推廣聖樂經驗與知識。
書報部
本部負責浸聯會之文字事工，出版季刊《浸情》，以文字溝通及推廣浸聯會、各教會、機構、學校的訊息。
福利部
本部成立目的為關顧退休傳道同工、為教會同工安排住院及門診醫療保險計劃及其他醫療優惠。管理鳳德自修室及舉辦不同講座，幫助退休同工積極面對及享受退休生活。
中小學及持續教育部
中等教育部為配合本港教育新政策，於2002年第63屆年會通過易名為中小學及持續教育部。中小學及持續教育部負責管理浸聯會屬下各小學（及附屬幼稚園）、中學及持續教育事工，包括：
小學：香港培正小學、香港培道小學、浸信會呂明才小學、浸信會沙田圍呂明才小學、浸信會孔憲紹天虹小學、香港浸信會聯會小學
中學：香港培正中學、澳門培正中學、香港培道中學、浸信會呂明才中學、浸信會永隆中學
持續教育：香港浸信會聯會專業書院（原稱「培正專業書院」，由2021年7月1日起易名「香港浸信會聯會專業書院」）
幼兒教育部
初等教育部為配合本港教育新政策，於2002年第63屆年會通過易名為幼兒教育部。幼兒教育部負責管理浸聯會屬下各幼稚園及幼兒園，包括：香港浸信會聯會香港西北扶輪社幼稚園、香港浸信會聯會寶田幼稚園及香港浸信會聯會利安幼兒園。
浸會園委員會
管理於1965年開設座落於粉嶺坪輋之香港浸會園，2025年成為慈善性質有限公司。浸會園佔地五十多萬平方呎，花草茂盛，風景優雅，環境寧靜，為教會、學校及機構提供退修、學習、福音營之理想場所。
醫務部
管理香港浸信會醫院。本聯會在五十年代設立醫療所，1963年香港浸信會醫院建成，開始全面醫療服務事工。另附設香港浸信會醫院區樹洪健康中心, 啟德社區健康中心及位於九龍東商業區的香港浸信會醫院日間醫療中心, 關顧社會不同人士的健康需要。
社會服務部
浸信會愛羣社會服務處轄下設有多個服務單位及項目，為香港市民提供多元化的社會服務，如青少年中心、老人中心、幼兒中心、復康服務及輔導服務等，並在這些中心內展開福音工作。此部負責管理浸信會愛羣社會服務處及推動社區工作
